La primera noticia fiable data de principios del siglo XVII cuando, al parecer, el emperador Rodolfo II de Bohemia lo adquirió por seiscientos ducados; luego pasó por diversas manos hasta llegar, en 1666, a las de Athanasius Kircher. A partir de ese momento y hasta el siglo XX, se pierde su rastro. Su autoría no resulta menos misteriosa: unos creen que es obra de un cabalista, otros que nos hallamos ante un manual de suicidio redactado por los cátaros, otros lo atribuyen al filósofo medieval Roger Bacon, o incluso a Nostradamus, y aún otros a John Dee, matemático, ocultista y embajador de la reina Isabel de Inglaterra. Lo cierto es que el manuscrito Voynich ha sido fuente de inspiración tanto para las novelas de H. P. Lovecraft como de Indiana Jones, y tiene un nutrido grupo de estudiosos en todo el mundo que se afanan por ser los primeros en desentrañar sus secretos.