Mientras España está a punto de perder su imperio colonial y la tensión militar se siente en la Isla de los boricuas, el padre Arán, turbado por la confesión de una muchacha, comparte su inquietud con Carballino, comandante de la Guardia Civil. Poco después, el asesinato de una joven destapa la existencia de una organización que abusa de chicas adolescentes.
Al tiempo que la guerra hispano-norteamericana se acerca al desastroso final, dos periodistas, la viuda de un militante independentista puertorriqueño, el propio sacerdote y el comandante Carballino —acompañado del capitán Areta—, constituirán un peculiar equipo de investigación que trata de esclarecer el crimen, en el que un joven recluta navarro se verá involucrado.

Boricuas fusiona el género negro con el thriller político e histórico mientras profundiza en algunos de los pecados más sórdidos de gobiernos y seres humanos, y que sirven de justificación política para guerras, conspiraciones, luchas de poder y, sobre todo, sacrificio de inocentes.