En el contexto de las revoluciones españolas de Comuneros y Germanías y la reactivación de la rivalidad europea entre Francisco I de Francia y el emperador Carlos V, los navarros iban a mostrar una mayor unanimidad en la defensa de su independencia que en 1512. La derrota de Noáin –que bien pudo haber sido una victoria- fue sólo un revés militar rápidamente compensado por la creación en la Navarra cantábrica de un mini-estado legitimista. Las conversaciones franco-imperiales celebradas en Calais bajo la mediación de Enrique VIII de Inglaterra se decantaron finalmente a favor del emperador, pero bien pudieron haber conllevado la restitución del reino a Enrique II de Navarra. Y, finalmente, el proyecto de crear una chancillería vasca con sede en Pamplona que aglutinara a los territorios entonces castellanos de Álava, Bizkaia y Gipuzkoa y al Reino de Navarra hubiera supuesto un futuro distinto incluso dentro de la Corona española.

La heroica defensa de Amaiur y la desaparición de los principales líderes legitimistas navarros no significó el final de aquella Guerra de Navarra, pero sí un punto de inflexión que la redujo a una pugna por el control de la Baja Navarra.