En muchos ejemplos fascinantes, Lewontin muestra que la historia del desarrollo de un organismo es la consecuencia única de dos factores: sus genes y las incidencias de los entornos en los que se ha encontrado a lo largo de su vida. Sin embargo, estas dos influencias están sujetas, a su vez, al efecto de eventos contingentes al nivel celular. Además, no existe una separación distinguible entre las fuerzas externas e internas. El entorno de un organismo no es una propiedad fija del mundo exterior, sino algo creado por las actividades de la vida del organismo, que construye, modifica y selecciona los aspectos que para él son relevantes.

Ante la extrema complejidad de estos procesos, no sirve de nada refugiarse en un holismo ingenuo y oscurantista. Pese a muchas preguntas aún abiertas, la biología sólo progresa gracias al análisis las partes que componen un organismo. El gran problema es que no hay una manera única de definir las partes y sus conexiones.

Para comprender los misterios de «causa y efecto» que dan lugar a los cambios evolutivos, no basta la metáfora cartesiana del "organismo-maquina": hay que analizar siempre de nuevo las funciones, delimitaciones e influencias recíprocas de todos los componentes.