El agente Manuel Salvador, del Cuerpo de Investigación y Vigilancia, con ayuda del agente auxiliar Onofre Mansilla, es el encargado de efectuar la investigación. En una ciudad levantada en armas contra el Gobierno de la República, la misión de investigar un asesinato del cual son sospechosos los mismos que han tomado el poder por la fuerza resulta muy peligrosa y de éxito más que dudoso.
La novela policial, explicó Tzvetan Todorov, «no contiene una sino dos historias: la historia del crimen y la de la pesquisa». En Seis heridas de arma de fuego Miguel Izu combina la historia de un crimen real con el relato ficticio de su investigación.