militares de Navarra eran supervisados en Burgos (capital de la región militar) por el auditor en primera instancia y en segunda y última por el General Jefe de la región; de la misma manera, las sentencias dictadas por los tribunales militares de Navarra debían contar con la aprobación del auditor y del General.
La inmensa mayoría de estos expedientes se iniciaban al recibirse en los juzgados militares de Pamplona una comunicación del Gobernador Militar de Navarra informando sobre la comisión de un delito y sobre la situación del detenido o detenidos, comunicación que se acompañaba con el nombramiento de un juez instructor que iniciaba la investigación del caso.
Las fuentes informativas de las que se nutrían los juzgados militares eran fundamentalmente los informes remitidos por los comandantes de los cuartelillos locales de la Guardia Civil, los remitidos por los alcaldes y los de los jefes locales de FET y de las JONS.