En acabar la carrera de psicologia, als anys setanta, presenta una tesi sobre els fonaments de la psicoanàlisi en què defensa una relectura del mite d'Èdip i una manera diferent d'escoltar els pacients. Refusada per la Sorbona, Balmary la publica com a llibre (L’homme aux statues. Freud et la faute cachée du père, 1979).

Després s’interessa pels orígens de la paraula i s’orienta cap als relats fundadors de les nostres civilitzacions, essencialment la Bíblia. Posa en pràctica un mètode de lectura i interpretació en grup dels textos en la seva llengua original —hebreu i grec—, de manera semblant al que permet fer la psicoanàlisi. Exposa aquestes recerques en tres obres: Le sacrifice interdit. Freud et la Biblie (1986), La divine origine. Dieu n’a pas créé l’homme (1993), i Abel ou la traversée de l’Eden (1999).

En el seu darrer llibre, Le moine et la psychanalyste (2005), explica la seva trobada i amistat amb el monjo Marc-François, germà del psicoanalista Jacques Lacan, mitjançant una ficció dialogada.

L’obra de Balmary gaudeix d’una gran difusió a França, i ha estat traduïda a l’anglès, el portuguès, el neerlandès, l’italià, el grec i el japonès. L’edició de Fragmenta serà la primera traducció d’una obra de Balmary en l’àmbit hispànic.

De Le moine et la psychanalyste se n'han venut 22.000 exemplars només a França.